Seizièmes de Finale
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| Marseille | - | FC Copenhague | ||
| VFL Volfsburg | - | Villaréal | ||
| Werder Brême | - | FC Twente | ||
| Valence CF | - | FC Bruges | ||
| AS Roma | - | Panathinaïkos | ||
| Juventus Turin | - | Ajax Amsterdam | ||
| Galatasaray | - | Atletico Madrid | ||
| PSV Eindhoven | - | Hambourg SV | ||
| Benfica | - | Hertha Berlin | ||
| Fenerbahçe | - | Lille | ||
| Anderlecht | - | Athletic Bilba | ||
| Sporting Portugal | - | Everton | ||
| Hapoël Tel Aviv | - | Rubin Kazan | ||
| Chakhtior Donetsk | - | Fulham | ||
| Red Bull Salzbourg | - | Standard de Liège | ||
| Unirea Urziceni | - | Liverpool FC |
Aller
| FC Copenhague | - | Marseille | ||
| Villaréal | - | VFL Volfsburg | ||
| FC Twente | - | Werder Brême | ||
| FC Bruges | - | Valence CF | ||
| Panathinaïkos | - | AS Roma | ||
| Ajax Amsterdam | - | Juventus Turin | ||
| Atletico Madrid | - | Galatasaray | ||
| Hambourg SV | - | PSV Eindhoven | ||
| Hertha Berlin | - | Benfica | ||
| Lille | - | Fenerbahçe | ||
| Athletic Bilba | - | Anderlecht | ||
| Everton | - | Sporting Portugal | ||
| Rubin Kazan | - | Hapoël Tel Aviv | ||
| Fulham | - | Chakhtior Donetsk | ||
| Standard de Liège | - | Red Bull Salzbourg | ||
| Liverpool FC | - | Unirea Urziceni |
Matchs de Poule
| Groupe B | Groupe J | |||||||||||||||||||
| 1 | Valence CF (ESP) | 9 | 5 | 2 | 3 | 0 | 10 | 7 | +3 | 1 | Chakhtior Donetsk (UKR) | 13 | 6 | 4 | 1 | 1 | 14 | 3 | +11 | |
| 2 | Lille (FRA) | 7 | 5 | 2 | 1 | 2 | 12 | 8 | +4 | 2 | FC Bruges (BEL) | 11 | 6 | 3 | 2 | 1 | 10 | 8 | +2 | |
| 3 | Genoa (ITA) | 7 | 5 | 2 | 1 | 2 | 7 | 8 | -1 | 3 | Toulouse (FRA) | 7 | 6 | 2 | 1 | 3 | 6 | 11 | -5 | |
| 4 | Slavia Prague (CZ) | 3 | 5 | 0 | 3 | 2 | 4 | 10 | -6 | 4 | Partizan Balgrade (SER) | 3 | 6 | 1 | 0 | 5 | 6 | 14 | -8 | |
Groupe B
| jeudi 17 Septembre 2009 | Lille (FRA) | 1 | - | 1 | Valence CF (ESP) |
| Genoa (ITA) | 2 | - | 0 | Slavia Prague (CZ) | |
| jeudi 1er Octobre 2009 | Slavia Prague (CZ) | 1 | - | 5 | Lille (FRA) |
| Valence CF (ESP) | 3 | - | 2 | Genoa (ITA) | |
| jeudi 22 Octobre 2009 | Valence CF (ESP) | 1 | - | 1 | Slavia Prague (CZ) |
| Lille (FRA) | 3 | - | 0 | Genoa (ITA) | |
| Jeudi 5 Novembre 2009 | Genoa (ITA) | 3 | - | 2 | Lille (FRA) |
| Slavia Prague (CZ) | 2 | - | 2 | Valence CF (ESP) | |
| Mercredi 2 Décembre 2009 | Valence CF (ESP) | 3 | - | 1 | Lille (FRA) |
| Slavia Prague (CZ) | 0 | - | 0 | Genoa (ITA) | |
| jeudi 17 Décembre 2009 | Genoa (ITA) | 1 | - | 2 | Valence CF (ESP) |
| Lille (FRA) | 3 | - | 1 | Slavia Prague (CZ) |
Groupe J
| Jeudi 17 Septembre 2009 | Partizan Balgrade (SER) | 2 | 3 | Toulouse (FRA) | |
| FC Bruges (BEL) | 1 | 4 | Chakhtior Donetsk (UKR) | ||
| jeudi 1er Octobre 2009 | Chakhtior Donetsk (UKR) | 4 | - | 1 | Partizan Balgrade (SER) |
| Toulouse (FRA) | 2 | - | 2 | FC Bruges (BEL) | |
| jeudi 22 Octobre 2009 | Chakhtior Donetsk (UKR) | 4 | - | 0 | Toulouse (FRA) |
| FC Bruges (BEL) | 2 | - | 0 | Partizan Balgrade (SER) | |
| jeudi 5 Novembre 2009 | Partizan Balgrade (SER) | 2 | - | 4 | FC Bruges (BEL) |
| Toulouse (FRA) | 0 | - | 2 | Chakhtior Donetsk (UKR) | |
| jeudi 3 Décembre 2009 | Toulouse (FRA) | 1 | - | 0 | Partizan Balgrade (SER) |
| Chakhtior Donetsk (UKR) | 0 | - | 0 | FC Bruges (BEL) | |
| mercredi 16 Décembre 2009 | FC Bruges (BEL) | 1 | - | 0 | Toulouse (FRA) |
| Partizan Balgrade (SER) | 1 | - | 0 | Chakhtior Donetsk (UKR) |